Soutenance de thèse de Anne JANOUEIX - lundi 9 novembre 2026 à 9h

Anne JANOUEIX soutiendra sa thèse sur le sujet suivant :
Agroforesterie et viticulture : influence des arbres sur les microbiotes du sol et des racines de la vigne

Cette thèse, réalisée sous la direction de Virginie LAUVERGEAT, s’inscrit dans le cadre du projet AC²TION du programme TETRAE.

Vous trouverez le résumé de la thèse ci-dessous.

Le jury sera composé de :
Mme Florence FONTAINE, Professeure des universités, Université de Reims Champagne-Ardenne (Rapporteure) ;
M. Christophe MOUGEL, Directeur de recherche, INRAE Rennes, IGEPP (Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes), INRAE, Institut Agro Rennes-Angers ; Université de Rennes (Rapporteur) ;
Mme Natacha BODENHAUSEN, FiBL Suisse, Département des sciences du sol, groupe Nutrition des plantes et symbioses (Examinatrice) ;
Mme Corinne VACHER, Directrice de recherche, INRAE, UMR Santé et Agroécologie du Vignoble (SAVE) (Examinatrice) 
M. Gabin PITON, Chargé de recherche, INRAE, UMR Eco&Sols (Examinateur).
 

Un lien de visioconférence sera communiqué aux personnes qui ne pourront pas être présentes sur place.

La soutenance se déroulera en français.

Résumé :

L’agroforesterie, qui associe les arbres aux productions agricoles, constitue un levier potentiel pour améliorer la durabilité des agroécosystèmes en fournissant différents bénéfices environnementaux et agronomiques. En viticulture, l’intégration d’arbres au sein des parcelles suscite un intérêt croissant, notamment pour ses effets sur la qualité et le fonctionnement des sols. Le microbiote du sol joue un rôle fondamental dans de nombreux processus biologiques, que ce soit en termes de qualité du sol mais aussi au sein de l’holobionte de la vigne. Il constitue un champ de recherche prometteur pour le développement de stratégies d’adaptation de la vigne au changement climatique. Cette thèse vise à étudier l’influence des arbres sur la composition et le fonctionnement des communautés microbiennes du sol, de la rhizosphère et des racines, et sur la physiologie de la vigne. Des vignes dans différents contextes arborés (situées à proximité de pruniers plantés en 2014 ou 2019, d’érables plantés en 2014 ou de cognassiers plantés en 2019) ont été comparées à des vignes témoins éloignées des arbres dans une parcelle vitiforestière. Des indicateurs de la physico-chimie des sols, de la microbiologie du sol, de la rhizosphère et des racines au printemps et à l’automne, mais aussi de la physiologie des vignes, ont été mesurés en 2024. Les résultats ont montré que la présence des arbres est associée à des teneurs plus élevées en carbone et en azote du sol, avec des différences significatives à proximité des arbres implantés depuis dix ans. Les activités enzymatiques dans la rhizosphère des vignes sont également supérieures au printemps près de ces arbres par rapport aux vignes témoins. L’abondance et la diversité microbiennes sont globalement peu affectées, contrairement à la composition des communautés, qui varie selon le compartiment, la saison et le contexte arboré. Les communautés bactériennes de l’endosphère racinaire des vignes sont particulièrement sensibles à la présence des arbres. Ainsi, les arbres modifient l’environnement édaphique et biologique de la vigne, avec des effets plus marqués après dix années d’implantation. Ces modifications s’accompagnent d’une stimulation du fonctionnement microbien de la rhizosphère et d’une restructuration des communautés associées à la vigne. Une amélioration du statut azoté de la vigne est également observée.

Mots-clés : vitiforesterie ; vigne ; microbiote ; rhizosphère ; endosphère racinaire ; fonctionnement du sol.

Abstract: 

Agroforestry, which involves combining trees with agricultural production, is a potential strategy for enhancing the sustainability of agroecosystems, offering a variety of environmental and agronomic advantages. In viticulture, integrating trees into vineyards is attracting growing interest, primarily due to its impact on soil quality and function. Soil microbiota plays a fundamental role in many biological processes, in terms of both soil quality and the grapevine holobiont. Therefore, it is a promising field of research for developing strategies to support grapevine adaptation to climate change. This thesis aims to investigate how trees influence the composition and functioning of microbial communities in the soil, rhizosphere and roots, and grapevine physiology. Grapevines growing in different contexts with trees, such as plum trees (planted in 2014 or 2019), maple trees (planted in 2014) and quince trees (planted in 2019), were compared with control grapevines located away from trees within a vitiforestry vineyard. In 2024, indicators of soil physicochemical properties, microbial communities in the soil, rhizosphere and roots in spring and autumn, and grapevine physiology were measured. The results showed that the presence of trees was associated with higher levels of soil carbon and nitrogen, with significant differences observed in soils near ten-year-old trees. Enzymatic activities in the grapevine rhizosphere were also higher in spring near these trees than in the control grapevines. Overall, microbial abundance and diversity were only weakly affected, in contrast to community composition, which varied according to compartment, season, and tree context. Bacterial communities in the grapevine root endosphere were particularly responsive to the presence of trees. Thus, the presence of trees altered the edaphic and biological environment associated with grapevines, with some effects becoming more pronounced after ten years. These changes were accompanied by enhanced microbial activity in the rhizosphere and a restructuring of grapevine-associated microbial communities. An improvement in grapevine nitrogen status was also observed.

Keywords: vitiforestry; grapevine; microbiota; rhizosphere; root endosphere; soil functioning.